妊娠期是一个特殊的生理时期。一些药物可直接作用于胚胎，对胚胎的发育产生影响；也有的药物本身没有致畸作用，但在孕妇体内通过生物转化后的代谢产物具有致畸作用。

由于伦理学原因，很多药物都没有在人类早孕期或在胎儿身上使用的直接证据，很多关于妊娠期的用药建议来源于动物实验。

妊娠期间，有的药物是通过影响母体内分泌、代谢等而间接影响胚胎或胎儿的，有的药物通过胎盘屏障直接影响胎儿。最严重的药物毒性是影响胚胎分化和发育，导致胎儿畸形和功能障碍。

人类胚胎发育过程中有一个时期称为着床前期”，也就是卵子受精至受精卵在子宫内膜着床安家的一段时间。

具体而言，就是指男女激情后或者受精后的两周内。这一时期的受精卵还是游离状态，与母体组织没有直接接触，药物对胚胎的影响不大。

由于胚胎没有分化，还处于细胞一分二、二分四、四分八的分裂过程中，药物或者影响很轻，延缓分裂过程，但不带来明显影响:或者影响很重，造成胚胎停止发育，引起流产。也就是说，这期间药物对于胚胎的影响，是全”或无”的方式。

而晚期囊胚着床后至妊娠的12周，是药物致畸的敏感期，是胚胎、胎儿各器官处于高度分化、迅速发育、不断形成的阶段，首先是心脏、脑开始分化发育，随后是眼、四肢等。如果这一时期使用药物，药物的毒性能干扰胚胎、胎儿组织细胞的正常分化，若某一部位的细胞受到药物毒性的影响，都可能造成相应部位的组织或器官发育畸形。

妊娠12周以后直至分娩，胎儿器官已经基本形成，药物的致畸作用明显减弱。但有些器官尚未分化完全，如生殖系统，某些药物还可能对其产生影响，而神经系统因在整个妊娠期间持续分化发育，故药物对神经系统的影响一直存在。